無菌室一般為4 — 5 平方米、高 2.5 米的獨立小房間（與外間隔離），專辟于微生物實驗室內，可以用板材和玻璃建造。無菌室外要設一個緩沖間，錯開門向，以免氣流帶進雜菌。無菌室和緩沖間都必須密閉、室內裝備的換氣設備必須有空氣過濾裝置。無菌室在業內也叫：潔凈室、GMP實驗室。

無菌室裝修規范：
1.二級及三級無菌室符合中華人民共和國衛生行業標準:WS233-2002 《微生物和生物醫學實驗室生物安全通用準則》。
2. 二級（P2）無菌室為萬級、局部百級，符合目前世界通用的美國聯邦209E標準。
二級無菌室包含高、中、初效過濾系統，小型中央空調系統，層流送風，井式回風。更衣間及風淋室采用人體自動感應系統。
3.各系統技術指標如下：更衣間及操作間送風口風速≥0.3米/秒,風淋室風速≥15米/秒,操作間與環境靜壓差≥5Pa,系統噪聲≤60dB.
4.三級（p3）無菌實驗室除具有二級無菌室的特點外,還專門設立了電子互鎖門、傳遞窗門互鎖、環氧樹脂自流平地面、下水消毒設施。配置二級生物安全柜，實驗室及緩沖間均為負壓空間，實驗間的相對壓強為-30Pa—-40Pa，緩沖間的相對壓強為-15Pa—-20Pa。
無菌室裝修技術要求：
1.工作室應矮小、平整，高2.2—2.3米，內部裝修應平整、光滑，無凹凸不平或棱角等，四壁及屋頂應用不透水之材質，便于擦洗及殺菌。

2.室內采光面積大，從室外應能看到室內情況。
3.為保證無菌室的潔凈，無菌室周圍需設緩沖走廊，走廊旁再設緩沖間，其面積可小于無菌室。
4.無菌室、緩沖走廊及緩沖間均設有日光燈及供消毒空氣用紫外燈，殺菌紫外燈離工作臺以1米為宜 ，其電源開關均應設在室外。
5.無菌室與緩沖間進出口應設拉門，門與窗平齊，門縫要封緊，兩門應錯開，以免空氣對流造成污染。